Założycielem Fundacji był książę Adam Karol Czartoryski. W roku 1991 powołana została do życia Fundacja Książąt Czartoryskich przy Muzeum Narodowym Krakowie, przywrócono wtedy też dawną nazwę: Muzeum Książąt Czartoryskich.
Założyciel Fundacji Książę Adam Karol Czartoryski, który po zmianie ustrojowej w Polsce w roku 1989 odzyskał tytuł własności do zbiorów, złożył następującą deklarację: „(…) zawsze miałem silne poczucie rodzinnych korzeni polskich oraz polskiej tradycji. Fundacja, którą założyłem, ma zgodnie ze szczytnym hasłem puławskim utrzymywać w pamięci przeszłość, służyć bieżącym potrzebom społeczeństwa i kierować się ku przyszłości.”
Mimo, że muzeum obecnie znajduje się w Krakowie, to zostało założone przez księżną Izabelę Czartoryską w Puławach. Dramatyczne, szybko następujące po sobie wydarzenia końca XVIII wieku – dwa rozbiory Polski, stłumiona insurekcja kościuszkowska, wreszcie rozbiór trzeci, w roku 1795, wykreślający Polskę z mapy Europy, przekreśliły szlachetne marzenia oświeceniowych głów o nowoczesnej Polsce, także tej posiadającej swoje polskie muzeum. I kiedy wydawało się, że nic już w tej sprawie zrobić nie można przystąpiła do działania księżna Izabela Czartoryska. Świątynię Sybilli – budynek wzorowany na rzymskiej świątyni w Tybur, otworzyła w roku 1801, było to pierwsze polskie muzeum.
29 grudnia 2016 roku Rząd Polski zawarł z Księciem Adamem Karolem Czartoryskim, prezydentem Fundacji Książąt Czartoryskich, transakcję na mocy której wspaniałe zbiory sztuki, archiwum i biblioteka wraz z muzealnymi budynkami przeszły na własność Państwa Polskiego i zostały powierzone pod dalszą opieką Krakowskiemu Muzeum Narodowemu.
Obecnie Fundacja XX. Czartoryskich wspiera projekty o charakterze kulturalnym i historycznym, uczących postaw patriotycznych, humanistycznych i prospołecznych, a także upowszechniania wiedzę o historii rodziny Czartoryskich i rodzin spokrewnionych.
Dariusz Kotara